論文 - 古谷　祐詞

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  • SNap bond, a crucial hydrogen bond between Ser in helix 3 and Asn in helix 4, regulates the structural dynamics of heliorhodopsin 査読あり

    Toshiki Nakamura, Manish Singh, Masahiro Sugiura, Soichiro Kato, Ryo Yamamoto, Hideki Kandori, and Yuji Furutani*

    J. Mol. Biol.   436 ( 16 )   168666   2024年08月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2024.168666

  • The high-light-sensitivity mechanism and optogenetic properties of the bacteriorhodopsin-like channelrhodopsin GtCCR4 査読あり 国際共著

    Tatsuki Tanaka, Shoko Hososhima, Yo Yamashita, Teppei Sugimoto, Toshiki Nakamura, Shunta Shigemura, Wataru Iida, Fumiya K. Sano1, Kazumasa Oda, Takayuki Uchihashi, Kota Katayama, Yuji Furutani, Satoshi P. Tsunoda, Wataru Shihoya*, Hideki Kandori*, Osamu Nureki*

    Mol. Cell   84 ( 18 )   3530 - 3544   2024年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.molcel.2024.08.016

  • Experimental and computational biophysics to identify vasodilator drugs targeted at TRPV2 using agonists based on the probenecid scaffold 査読あり 国際共著

    Èric Catalina-Hernández, Mario López-Martín, David Masnou-Sánchez, Marco Martins, Víctor A. Lórenz-Fonfría, Francesc Jiménez-Altayó, Ute A. Hellmich, Hitoshi Inada, Antonio Alcaraz, Yuji Furutani, Alfons Nonell-Canals, Jose Luis Vázquez-Ibar, Carmen Domene, Rachelle Gaudet, and Alex Perálvarez-Marín*

    Comput. Struct. Biotechnol. J.   23   473 - 482   2023年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.csbj.2023.12.028

  • Internal Proton Transfer in the Activation of Heliorhodopsin 招待あり 査読あり

    Manish Singh, Masanori Hashimoto, Kota Katayama, Yuji Furutani, and Hideki Kandori

    J. Mol. Biol.   2023年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2023.168273

  • Concerted primary proton transfer reactions in a thermophilic rhodopsin studied by time-resolved infrared spectroscopy at high temperature 査読あり

    Kunisato Kuroi, Takashi Tsukamoto, Naoya Honda, Yuki Sudo, and Yuji Furutani

    Biochim. Biophys. Acta – Bioenergetics   1864 ( 3 )   148980   2023年08月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbabio.2023.148980

  • Protonation of Asp116 and distortion of an all-trans retinal chromophore in Krokinobacter eikastus rhodopsin 2 causes a redshift in absorption maximum upon dehydration 査読あり

    Sahoko Tomida, Akimori Wada and Yuji Furutani

    Photochem. Photobiol. Sci.   22 ( 11 )   2499 - 2517   2023年07月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s43630-023-00464-8

  • High-speed scanless entire bandwidth mid-infrared chemical imaging 査読あり 国際共著

    Yue Zhao, Shota Kusama, Yuji Furutani, Wei-Hong Huang, Chih-Wei Luo, and Takao Fuji

    Nat. Commun.   14   3929   2023年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41467-023-39628-6

  • Covalent Bond between Lys-255 Residue and the Main Chain is Responsible for Stable Retinal Chromophore Binding and Sodium-Pumping Activity of Krokinobacter Rhodopsin 2 査読あり 国際共著

    Shoha Ochiai, Yuki Ichikawa, Sahoko Tomida, and Yuji Furutani

    Biochemistry   62 ( 12 )   1849 - 1857   2023年06月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.biochem.3c00168

  • Specific Zinc Binding to Heliorhodopsin 査読あり

    Masanori Hashimoto, Koichi Miyagawa, Manish Singh, Kota Katayama, Mitsuo Shoji, Yuji Furutani, Yasuteru Shigeta, and Hideki Kandori

    Phys. Chem. Chem. Phys.   25 ( 4 )   3535 - 3543   2023年01月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1039/d2cp04718g

  • Unusual Photoisomerization Pathway in a Near-Infrared Light Absorbing Enzymerhodopsin 査読あり 国際共著

    Masahiro Sugiura, Kazuki Ishikawa, Kota Katayama, Yuji Sumii, Rei Abe-Yoshizumi, Satoshi Tsunoda, Yuji Furutani, Norio Shibata, Leonid Brown, and Hideki Kandori*

    The Journal of Physical Chemistry Letters   13   9539 - 9543   2022年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpclett.2c02334

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.2c02334

  • Rhodopsin-bestrophin fusion proteins from unicellular algae form gigantic pentameric ion channels 査読あり 国際共著

    Andrey Rozenberg, Igor Kaczmarczyk, Donna Matzov, Johannes Vierock, Takashi Nagata, Masahiro Sugiura, Kota Katayama, Yuma Kawasaki, Masae Konno, Yujiro Nagasaka, Mako Aoyama, Ishita Das, Efrat Pahima, Jonathan Church, Suliman Adam, Veniamin A. Borin, Ariel Chazan, Sandra Augustin, Jonas Wietek, Julien Dine, Yoav Peleg, Akira Kawanabe, Yuichiro Fujiwara, Ofer Yizhar, Mordechai Sheves, Igor Schapiro, Yuji Furutani, Hideki Kandori, Keiichi Inoue, Peter Hegemann, Oded Béjà*, Moran Shalev-Benami*

    nature structural & molecular biology   29   592 - 603   2022年06月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41594-022-00783-x

    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41594-022-00783-x

  • Desiccation-induced fibrous condensation of CAHS protein from an anhydrobiotic tardigrade 査読あり 国際誌

    Maho Yagi-Utsumi, Kazuhiro Aoki, Hiroki Watanabe, Chihong Song, Seiji Nishimura, Tadashi Satoh, Saeko Yanaka, Christian Ganser, Sae Tanaka, Vincent Schnapka, Ean Wai Goh, Yuji Furutani, Kazuyoshi Murata, Takayuki Uchihashi, Kazuharu Arakawa, Koichi Kato

    Scientific Reports   11   21328   2021年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-021-00724-6

    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41598-021-00724-6

  • Inverse Hydrogen-Bonding Change Between the Protonated Retinal Schiff Base and Water Molecules upon Photoisomerization in Heliorhodopsin 48C12 査読あり 国際誌

    Sahoko Tomida, Shinya Kitagawa, Hideki Kandori, Yuji Furutani

    The Journal of Physical Chemistry B   125 ( 30 )   8331 - 8341   2021年07月

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.1c01907

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.1c01907

  • Zinc Binding to Heliorhodopsin 査読あり 国際誌

    Masanori Hashimoto, Kota Katayama, Yuji Furutani, and Hideki Kandori

    The Journal of Physical Chemistry Letters   11 ( 20 )   8604 - 8609   2020年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society  

    DOI： 10.1021/acs.jpclett.0c02383

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.0c02383

  • Infrared spectroscopic analysis on structural changes around the protonated Schiff base upon retinal isomerization in light-driven sodium pump KR2 査読あり 国際誌

    Sahoko Tomida, Shota Ito, Tomoya Mato, Yuji Furutani, Keiichi Inoue, and Hideki Kandori

    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics   1861 ( 7 )   148190   2020年07月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier B.V.  

    DOI： 10.1016/j.bbabio.2020.148190

    その他リンク： https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272820300402

  • Mechanism of Inward Proton Transport in an Antarctic Microbial Rhodopsin 査読あり 国際共著 国際誌

    Andrew Harris, Michalis Lazaratos, Malte Siemers, Ethan Watt, Anh Hoang, Sahoko Tomida, Luiz Schubert, Mattia Saita, Joachim Heberle, Yuji Furutani, Hideki Kandori, Ana-Nicoleta Bondar, and Leonid Brown

    The Journal of Physical Chemistry B   124 ( 24 )   4851 - 4872   2020年06月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.0c02767

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.0c02767

  • Regulation of Photocycle Kinetics of Photoactive Yellow Protein by Modulating Flexibility of β-Turn 査読あり 国際誌

    Yasushi Imamoto, Hiroaki Sasayama, Miki Harigai, Yuji Furutani, & Mikio Kataoka

    The Journal of Physical Chemistry B   124 ( 8 )   1452 - 1459   2020年02月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.9b11879

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.9b11879

  • Crystal structure of heliorhodopsin 査読あり 国際共著 国際誌

    Wataru Shihoya, Keiichi Inoue, Manish Singh, Masae Konno, Shoko Hososhima, Keitaro Yamashita, Kento Ikeda, Akimitsu Higuchi, Tamaki Izume, Sae Okazaki, Masanori Hashimoto, Ritsu Mizutori, Sahoko Tomida, Yumeka Yamauchi, Rei Abe-Yoshizumi, Kota Katayama, Satoshi P. Tsunoda, Mikihiro Shibata, Yuji Furutani, Alina Pushkarev, Oded Béjà, Takayuki Uchihashi, Hideki Kandori, Osamu Nureki

    Nature   574   132 - 136   2019年09月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Nature  

    DOI： 10.1038/s41586-019-1604-6

    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41586-019-1604-6

  • Vibrational and Molecular Properties of Mg2+ Binding and Ion Selectivity in the Magnesium Channel MgtE 査読あり 国際共著 国際誌

    Tetsunari Kimura, Victor A. Lorenz-Fonfria, Shintaro Douki, Hideyoshi Motoki, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Masahiro Higashi, Yuji Furutani

    The Journal of Physical Chemistry B   122 ( 42 )   9681 - 9696   2018年09月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b07967

    PubMed

    その他リンク： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.8b07967

  • Structural properties determining low K+ affinity of the selectivity filter in the TWIK1 K+ channel. 査読あり 国際誌

    Hisao Tsukamoto, Masahiro Higashi, Hideyoshi Motoki, Hiroki Watanabe, Christian Ganser, Koichi Nakajo, Yoshihiro Kubo, Takayuki Uchihashi, Yuji Furutani

    The Journal of Biological Chemistry   293 ( 18 )   6969 - 6984   2018年05月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc. (ASBMB)  

    DOI： 10.1074/jbc.RA118.001817

    PubMed

    その他リンク： https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925820410725

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